Muzej Đakovštine osnovan je u prosincu 1951. godine. Njegovom osnivanju prethodile su gotovo dvogodišnje pripreme koje su, u konačnici, završile uspješno, ponajprije zahvaljujući entuzijazmu pojedinaca duboko svjesnih potrebe očuvanja kulturne baštine Đakovštine. Muzej je prvobitno bio smješten u secesijskoj zgradi u današnjoj Ulici bana Jelačića, na površini od samo 208 m². S malim brojem zaposlenih i u takvom, površinom neprimjerenom prostoru, već 1952. godine otvoren je prvi stalni postav, a oformljene su i arheološka, etnografska, kulturno-povijesna, numizmatička i zbirka umjetnina. Uz knjižnicu i fototeku, spomenute zbirke sve do danas su okosnica respektabilnog muzejskog fundusa od nekoliko desetaka tisuća predmeta.
Potkraj šezdesetih godina Muzej je preselio u dio jednokatnice koju je biskup Josip Juraj Strossmayer sagradio 1857. godine za potrebe smještaja bosanskih franjevaca. Nakon provedene najnužnije sanacije zgrade, već 1970. godine otvoren je stalni postav u četiri prostorije da bi, tri godine kasnije, isti bio gotovo udvostručen. Od sredine sedamdesetih godina, pa sve do početka Domovinskog rata, Muzej Đakovštine djeluje kao jedna od stabilnijih i prominentnijih kulturnih institucija grada. Organiziraju se izložbe, povećava se broj predmeta u pojedinim zbirkama, a pojedini djelatnici Muzeja aktivno se uključuju u sva relevantnija kulturna događanja u gradu. U tom periodu pokrenuta je i Biblioteka Muzeja Đakovštine u kojoj je objavljeno nekoliko naslova.
Izbijanjem rata, sve do tada pozitivne tendencije razvoja Muzeja dovedene su u pitanje. Iz sigurnosnih razloga, naredbom Ministarstva kulture, gotovo cjelokupan muzejski fundus premješten je u ratom manje ugrožene dijelove Hrvatske, da bi Muzej već u svibnju 1994. godine morao svoje dotadašnje sjedište prepustiti Biskupiji đakovačkoj i srijemskoj i preseliti se u prostor koji je bio ispod svakog muzeološkog standarda.
Iako definiran kao privremen, u tom prostoru Muzej se zadržao sve do svibnja 2002. godine kada se preseljava u temeljito obnovljenu zgradu bivšeg kotara izgrađenu potkraj 19. stoljeća. Današnji prostor Muzeja Đakovštine, u Ulici Ante Starčeva 34, razdijeljen je na stalni muzejski postav (arheologija, povijest, etnologija) koji se nalazi u prizemlju i dijelu prvog kata, višenamjensku izložbenu dvoranu na katu, koja je trenutno glavni nositelj svekolike aktivnosti Muzeja (izložbe, radionice, promocije knjiga, koncerti, predavanja…) te uredske prostorije.
U dvorištu Muzeja 2015. godine dovršena je izgradnja novog objekta u kojega su preseljeni depoi i muzejska knjižnica. Muzej je time dobio adekvatan prostor za čuvanje građe u kontroliranim mikroklimatskim uvjetima, kao i ostale neophodne uvjete nužne za nesmetani razvoj muzejske struke.
Obje zgrade Muzeja okružuje veliki dvorišni prostor u kojemu prepoznajemo potencijal za buduće, još raznovrsnije sadržaje. Jednom riječju, Muzej Đakovštine dobio je nakon 50 godina postojanja primjereni prostor adekvatan za prezentaciju bogate kulturne baštine Đakova i Đakovštine.