Da das Museum der Region Đakovo mehrmals sein Standort geändert hat, hat es seit seiner Gründung insgesamt drei Dauerausstellungen erlebt. Die erste Dauerausstellung war im „ersten“ Museum, und ihre Autorin war die erste Direktorin des Museums der Region Đakovo, Hedviga Dekker. Die Dauerausstellung wurde ein Jahr nach der Gründung des Museums geöffnet, im Jahr 1952.
Die zweite Dauerausstellung wurde im Jahr 1970 im neuen Museumsraum geöffnet und stellte den wertvollen Stoff dar, der während der Achtzehnjährigen Museumstätigkeit gesammelt wurde.
Die heutige Dauerausstellung befindet sich in dem Erdgeschoss des Museums und umfasst die ethnologische und historische Ausstellung. Im Moment wird die erste archäologische Dauerausstellung erarbeitet, die sich auf der ersten Etage befinden wird. Ihre Eröffnung ist für die erste Hälfte 2017. geplant.